Mollaahmet Mahallesi'nde (eski yerleşim yerinde) ilk defa okul 1941 yılında 1–3 sınıflı olarak açılmıştır.  İlk olarak "Eğitmenler" tarafından eğitim-öğretim yapılmıştır.              

            1949 yılına gelindiğinde öğretmenler tarafından 1–5 sınıflı İlkokul olarak eğitim-öğretim çalışmaları devam ettirilmiştir.

            1983'ten başlayarak 1986 yılı mart başına kadar Mollaahmet Köyü eski yerinden şu andaki yerine "Örnek Köy"  planlaması ile taşınmıştır. Kısa bir süre şimdiki yerleşim alanında bazı evler derslik olarak kullanılmıştır. Okulumuzun şu andaki yerleşim alanında (8800m2) mevcut olan iki derslikli ilk binası yapılmış, Mart 1986'dan sonra da bu binada Eğitim-Öğretim birleştirilmiş sınıflı iki öğretmenli olarak devam etmiştir. 1986 yılında 3 kabinli tuvalet binası yapılmıştır.

            1987 yazında Köylü-Devlet işbirliği ile lojman binası yapılmış,  1986–1991 yılları arasında bahçe hafriyat çalışmaları ve 1991 de bahçenin çevre duvarı yapılmıştır.

            1990 Yılına gelindiğinde 3 derslikli okul binası yapılması için çalışmalar başlatılmış, 1991 yılı kasım ayı içerisinde bina tamamlanarak eğitim-öğretime açılmış, müstakil sınıflı İlkokul olarak eğitim-öğretim yapılmaya başlanmıştır.

            Norm kadro uygulamalarına geçildiğinde bazen birleştirilmiş sınıflı, bazen de müstakil sınıflı İlkokul olarak çalışmalar sürdürülmüştür.

            1997–1998 Eğitim-Öğretim yılında kesintisiz 8 yıllık temel eğitime geçilmesi sonucunda kısa bir süre Merkez Altındere köyü öğrencileri köyümüze taşınarak 1–8 sınıflı İlköğretim Okuluna dönüş gerçekleştirilmeğe çalışıldı ise de başarılı olunamamıştır.

            Bunun sonucunda 1–5 sınıflar köyde,  6,7 ve 8. sınıflar Babadağ/ Kelleci Köyü İlköğretim Okulu'na taşımalı eğitim kapsamında taşınarak eğitim-öğretime devam edilmiştir.

            2004–2005 Eğitim-Öğretim yılı birinci kanaat dönemi sonlarına doğru bünyesinde bir de Ana Sınıfı açıldı.

2004 yılında köylü kendi imkânları ile yeni bina (büyük ana bina) yapımı çalışmalarını başlattı.  2005–2006 Eğitim-Öğretim yılı başında birinci kat çalışmaları tamamlanıp, gerekli bakanlık onayı alınarak ana sınıfı, 1–8 sınıflı ve Fen laboratuarı ile toplam 10 derslikli ilköğretim okulu olarak faaliyete geçirildi. 

2006 yılı başlarında binanın 2. katıda yapılarak 2 katlı 9 derslikli ve 1 Fen Laboratuarlı olarak inşaat tamamlandı. 2006 Mart ayı içerisinde kalorifer binası ve tesisatı yapıldı, kullanılmaya başlandı. Halen 2 derslikli ilk bina, 3 derslikli ikinci bina ve 9 derslik ve 1 Fen laboratuarlı ana bina ile eğitim – öğretime devam edilmektedir.

Okulumuz çevre düzenlemesi ve ağaçlandırmasıyla Çevre Bakanlığı'ndan "En İyi Yeşil Okul" beratı almıştır.

            2006–2007 Eğitim-Öğretim yılından itibaren Taşıma Merkezi Okul kabul edilerek 2 km uzaklıktaki Merkez Altındere Köyü ve Gündoğdu Mahallesi 4–8. sınıf öğrencileri de okulumuza taşıma kapsamında gelmeye başlamıştır. Bu nedenle 3 derslikli 2.binanın bir dersliği yemekhane olarak kullanılmaktadır.

            2012-2013 Eğitim Öğretim yılından itibaren Mollaahmet İlköğretim Okulu, 4+4+4 düzenlemesi nedeniyle Mollaahmetler İlkokulu ve Mollaahmetler Ortaokulu olarak ikiye ayrılarak eğitim öğretime devam etmektedir.

           2013-2014 Eğitim-Öğretim yılından itibaren Mollaahmetler Ortaokulu Taşıma Merkezli okul kapsamından çıkmış, Merkez Altındere Köyü ve Gündoğdu Mahallesi 5–8. sınıf öğrencileri Göveçlik Ekrem Başer Ortaokulu'na taşınmaya başlanmıştır.